店内はおしゃれで、様々な工夫が施されています。中央の本棚は、重い本に耐えられるようにりんご箱を本棚にされています。ナチュラルな店内の雰囲気に馴染み、インテリアにもなっています。
店内の書籍は、オーナーの小林さんが厳選した書籍が並んでおり、愛を感じるこだわりがたくさんあります。並べられている書籍のジャンルは、絵本、絵本読本、料理本、ビジネス書、フェミニズム、犬猫など幅広いです。本のプレゼント選びの際も、お話ししながら希望に合うものを選び、購入することもできるのが「マルジナリア書店」の良いところです。

店舗は3階に位置しますが、3階以上の見晴らしの良さを感じられます。その眺めを堪能できる窓際には、カフェスペースがあります。カフェスペースでは、府中市内をはじめとした多摩地域の飲食店のフードやドリンクが楽しめます。
椅子に腰掛けると、電車好きの子どもには嬉しい、京王線の電線や停車中の南武線を眺めることもできます。

オーナーの小林さんは、2020年7月に独立し「よはく舎」という出版社を立ち上げ、独立。府中に住んで、府中の良さを感じた小林さんは、府中で「地域の本屋さん」を開きたいという想いで「マルジナリア書店」を開店されました。お客様とコミュニケーションをとったり、本をきっかけに交流できたり、サイン会や読み聞かせなどのイベントも今後展開していき、「地域の文化と一緒に書店をつくっていきたい」と話されていました。